Wrześniowa burza wojenna była nie tylko tragedią dla Państwa i dla polskiego Kościoła, ale była też i osobistą tragedią Prymasa Polski. Z chwilą wybuchu wojny na prośbę głowy Państwa kard. Hlond udaje się do stolicy, aby wziąć udział w naradach w związku ze zbrodniczym napadem na Polskę. Błyskawiczne zajęcie Poznania przez najeźdźcę, zamknęło mu powrót do jego archidiecezji. Od tej chwili, rozpoczyna się wygnańcza martyrologia Prymasa Polski. Podczas wojny przebywał m.in. w Rzymie, Lourdes, w Hautcombe, w Paryżu, w Bar-le-Duc i w Wiedenbruck.
Po wyswobodzeniu Prymas August wraca do Poznania, z którym jednak żegna się w 1946 roku i przenosi stolicę prymasowską do Warszawy. Przez trzy lata stał tam w ogniu walki o miejsce Boga w Narodzie, na którym położył się złowrogi cień bezbożnego materializmu. Wyznając ewangeliczne wskazanie, że "więcej należy słuchać Boga niż ludzi," nie lękał się stanąć oko w oko z tymi, co byli wyznawcami i oficjalnymi przedstawicielami przeciwnych poglądów, a które on w swych listach pasterskich, tak bezwzględnie smagał i potępiał.
Zmarł 22 października 1948 roku, przeżywszy lat 67, w tym 25 lat w zgromadzeniu salezjańskim, 21 w kapłaństwie, 22 w biskupstwie, i 21 lat jako Kardynał Rzymskiego Kościoła. W ruinach warszawskiej katedry ciało Prymasa Hlonda złożono na wieczny spoczynek. Taka była Jego ostatnia wola.